호모 플로레시엔시스의 가장 특이한 점은 아마도 작은 키와 작은 뇌일 것이다. 이는 거의 완벽한 골격을 보유하고 있는 LB1화석에서 분명히 파악할 수 있다. 다른 개체들의 몸체 뼈도 마찬가지로 작고 LB8 화석의 경우는 LB1보다 더욱 작다. 비록 리앙부아에서 회수된 구개골은 하나뿐이었지만, 두 개의 하악골(LB1과 LB6)의 경우 그 형태와 크기가 매우 비슷했다.

신체 크기와 모양

두개골
두개골 모양은 길고 낮은 구조로 호모 사피엔스보다는 호모 에렉투스에 더 가깝다. 앞머리는 작고 튀어나오지 않았으며 뼈의 두께는 호모 에렉투스와 호모 사피엔스의 것과 비슷하다.

납작한 얼굴
눈썹마루의 경우 인도네시아에서 발견되는 호모 에렉투스와 달리 두 눈 사이로 이어져있지 않다.

좁은 코
호모 속과 현생인류의 주요 특징 중 하나이다.

턱과 이빨
현생인류에서 발견되는 돌출된 턱뼈가 없다. 상대적으로 턱은 크고 이빨은 호모 에렉투스를 닮았으나 더욱 원시적인 특징들을 보여준다. 호모 사피엔스와는 다른 어금니 구조를 가지고 있는데 송곳니와 앞니들이 작다. 치열은 호모 속에서 전형적으로 볼 수 있는 V자 모양 혹은 포물선 모양이다.

사지와 골반
팔, 어깨와 다리에서 보이는 뼈와 관절 구조는 호모 플로레시엔스가 현생 인류보다는 초기 인간과 더욱 유사하다는 점을 드러낸다. 엄지발가락이 나머지 발가락들과 나란히 정렬되어 있고 발꿈치를 들어 올렸을 때 발바닥의 아치를 뻣뻣하게 만드는 안정화 메카니즘은 직립(이족) 보행의 특징을 보여준다. 그러나 신체 크기에 비해 상대적으로 긴 발과 달리는 동안 에너지를 저장했다 분출하는 스프링 역할을 하는 발바닥 아치가 상대적으로 편평한데다 엄지발가락이 짧은 원시형질도 갖고 있다. 이러한 특징들은 호모 하빌리스와 오스트랄로피테쿠스 같은 고대 호미닌과 유사한 것으로 현생 인류와는 그 형태와 기능에서 다른 보행 자세를 갖고 있음을 시사한다.
- 윗팔뼈(상완골)의 비틀림 정도가 아주 적다.
- 다리뼈는 그 길이에 비해 폭이 넓다.
- 쇄골은 상대적으로 작고 휘어져 있다.
- 어깨뼈(견갑골)의 구조는 어깨를 앞으로 구부러지게 만든다.
- 손목뼈는 현대 인류와 크게 다르며 아프리카 유인원이나 오스트랄로피테쿠스를 닮았다.

최소한 80만 년 전부터 내려오는 인간 조상들에게서 보이는 특징들이 보이지 않는다. 특히 작은마름뼈(trapezoid bone)는 피라미드 모양으로 장화 모양의 현생 인류와 대조된다. 펼쳐진 골반의 장골은 원시형태로서 오스트랄로피테쿠스와 유사하여 여자는 호모 사피엔스보다 더 넓은 골반을 가졌다.